باحثو 57357 يطورون حزمة برمجية لتسهيل تحليل بيانات البروتينات

طور فريق بحثي من برنامج البروتيومكس بمؤسسة مستشفى سرطان الأطفال 57357 حزمة برمجية تسهل على الباحثين جمع وتصنيف وتحليل كم كبير من المعلومات المختلفة عن البروتينات من قاعدة بيانات “يوني بروت كي بي UniprotKB”، بحسب دراستهم المنشورة في دورية “Journal of Proteomics” بتاريخ 14 من ديسمبر الجاري.

وتعد قاعدة بيانات Uniprot أحدى أكبر قواعد البيانات العالمية الخاصة بالبروتينات، وتحوي معلومات مختلفة عن البروتينات، تشمل أسماءها وتصنيفها وتسلسل الأحماض الأمينية المكونة لها. يقوم الباحثون عادة بتحميل تلك البيانات على حواسيبهم، ومن ثم دراستها وتحليلها من خلال برامج إحصائية مختصة.

تعتمد تلك البرامج على مجموعة من الشفرات التي تحدد المهمات التحليلة التي يتستطيع البرنامج تنفيذها، وتعرف بالحزم البرمجية Packeges.

وفي ذلك يوضح “محمد سعودي” الباحث الأول في الدراسة :” يعنون كل بروتين على قاعدة بيانات Uniprot برقم دخول خاص، وللوصول إلى المعلومات الخاص به، يتوجب عليك في أغلب الأحيان إدخال رقم الدخول بشكل يدوي، وهو ما يستهلك الكثير من الوقت، ويزيد من احتمالات حدوث أخطاء في أرقام الدخول”.

وعليه، تستطيع الحزمة المطورة حديثًا، والتي أسماها الباحثون UniprotR، تحميل بيانات متعددة لعدة بروتينات بشكل آلي، وهو ما يوفر وقت الباحثين ومجهودهم، كما يقلل احتمالية تحميل بيانات بروتينات غير مطلوبة، كما يؤكد سعودي.

يضاف إلى ذلك أن حزمة UniprotR هو الوحيدة المتوافرة حاليًا، والتي تستطيع تقديم عرض بياني للمعلومات الخاصة بالبروتينات، وهو ما يسهل قراءة البيانات، كما يستطيع الباحثون استخدام تلك الرسوم البيانية للنشر في الأوراق البحثية، حيث أنها تظهر بالجودة الكافية، بحسب ما يؤكد “علي أنور”، وهو باحث مشارك في الدراسة، ومتخصص في المعلوماتية الحيوية ببرنامج البروتيومكس في مؤسسة 57.

وبحسب ما يرد في الورقة البحثية، تستطيع الحزمة أيضًا جمع معلومات إضافية عن البروتينات من قواعد بيانات مختلفة تشمل قاعدتي بيانات SWISS-MODEL و STRING، واللتان تحويان معلومات عن التركيب ثلاثي الأبعاد والتفاعل ما بين البروتينات على التوالي.

من ناحيته يشير “سامح مجد الدين” مدير برنامج البروتيومكس والباحث الرئيس في الدراسة إلى أن تحليل تلك البيانات هي جزء أساسي في العديد من الدراسات المتعلقة بتخصصات مختلفة في العلوم الطبية الحيوية، والتي تهدف إلى فهم آلية معينة في الخلايا الحية، أو البحث عن علاج مناسب يستهدف بروتينات محددة في بعض الأمراض المستعصية.

ويضيف “مجد الدين” أن حزمة UniprotR متاحة بشكل مجاني لجميع الباحثين على الصفحة الرسمية لمعمله في الموقع الرسمي للمستشفى، وأنها لاقت اهتمام العديد الباحثين بالفعل، حيث يزيد عدد مرات تحميلها عن 2000 مرة منذ رفعها قبل قرابة 4 أشهر فقط، وهو تفاعل نشط يظهر فعالية الحزمة، والذي يتوقع الباحثون أنه سيزداد مع مرور الوقت.